（一）办公室：负责机关日常运转工作。承担保密、档案、政务公开、后勤保障、治安消防等工作。组织人大代表建议和政协委员提案办理、绩效考核评价、信访、新闻宣传、网络舆情处置等工作。负责水利网络安全保障和信息化建设工作。负责重大会议和重要接待、综合文稿起草、机关内部规章制度建设工作。
（二）财务科：编制部门预决算和财务报告。统筹协调水利专项资金安排方案，配合有关部门对全市水利建设资金使用情况进行监督检查和审计。承担水利行政事业单位国有资产的监管工作。负责局机关财务管理，指导直属单位财务监督管理和审计。组织实施水利项目绩效考评和单位内控制度建设。
（三）人事科：承办机关并指导局属事业单位的人事管理、机构编制、劳动工资和专家工作。配合组织部门实施局属单位班子和后备干部队伍建设。负责全市水利行业中级技术职务资格评审和局属单位的初级技术职务评审日常工作，负责初审并向高评委推荐全市水利行业申请评审高级技术职务的工作。组织指导水利系统工人技术等级培训考核，劳动保护、社会保障工作。配合有关部门组织国家公务员和科技干部的培训考核工作。组织指导水利行业职工队伍建设和服务体系建设。负责退休人员管理工作。组织指导水利行业科学研究和重大科技成果鉴定，应用和技术推广工作。
（四）规划与建设管理科：拟订全市水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重要水利、水旱灾害防御、水土保持、地方电力工程的初步设计的编制和评审工作。负责水利行业基本建设技术质量标准和规程、规范的技术指导和技术监督。组织指导水库工程管理制度的改革。组织小型水库以上水利工程项目的建设、监理和竣工验收。负责监督指导河道沿岸和跨(穿)河道建设项目的评估审查。组织指导水利、农村水电工程安全监管和运行管理与划界工作。负责重点水利工程招投标管理，指导水利招投标工作。指导水利建设市场信用体系建设。指导水利设施综合利用工作。指导农村水能资源开发、小水电改造及水电农村电气化工作。
（五）政策法规科(行政审批科、执法监督科)：负责拟订全市水利政策和法制建设规划。组织起草水利行业管理重大规范性文件并监督实施。组织实施行业依法治理、法治政府建设和普法教育。承办行政诉讼、行政听证、行政复议、行政调解和行政许可事项听证工作。负责机关规范性文件等涉法事务合法性审查工作。组织开展水利行业相关法律法规宣传教育工作。负责水利综合执法监督，处理水利综合行政执法争议，依法纠正违法、不当水利综合执法行为，受理全市水利综合行政执法的信访、投诉、举报及处理。办理市政府公布的行政审批和公共服务事项，负责水利政务窗口管理工作。
（六）水资源科（市节约用水办公室）：承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。组织水资源监测，编制并发布水资源公报。拟定水量分配、水资源调度方案并监督实施。指导饮用水水源保护有关工作。指导地下水开发利用和地下水资源的管理保护；按规定组织开展水能资源调查评价和水资源承载能力监测预警、组织指导地下水超采区综合治理工作。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作;组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。
（七）河湖管理科(市河长制办公室):指导全市河湖管理与保护工作，组织编制重要河湖岸线保护和开发利用规划；指导全市河湖管理范围内建设项目管理工作；指导全市河道管理范围内采砂管理工作；负责组织审批和编制全市河道采砂规划和年度实施方案；指导市河湖管理保护总站开展市河长制办公室具体工作;指导河湖水系连通相关工作。
（八）水土保持科：指导全市水土保持工作，拟订水土保持发展规划并监督实施，负责水土保持预防监督、水土流失监测、水土流失综合治理工作。指导重点水土保持建设项目的实施。审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（九）农村水利科：组织开展大中型灌区工程建设与改造，指导节水灌溉有关工作，指导农村饮水安全工程建设管理工作。指导农村水利设施的运行管理与保护。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。指导水利行业供水和农村供水工作。
（十）水旱灾害防御科:承担水利系统防汛抗旱相关工作。组织编制洪水干旱防治规划。承担水情旱情预警工作。组织协调指导防御洪水应急抢险的技术保障工作。组织指导水旱灾害防御演练、信息化建设工作。负责水文站点建设和管理。承担全市水利系统综合安全监督管理职能，统筹协调指导水利行业安全生产监督管理工作。
（十一）综合执法科：承办全市重大复杂案件、跨行政区域案件和上级及有关部门移交案件的查处及组织协调工作；依法查处各类水事违法行为和调解各类水事纠纷；依照法律、法规管理和保护水资源、水土资源、保护水域、水工程、防汛抗旱、水文监测等有关设施；负责统筹、协调、指导全市水利行政综合执法工作；负责全市水行政执法统计工作。
（十二）移民工作管理科：指导编制大中型水利水电工程移民安置规划大纲和移民安置规划，拟订大型水电工程移民安置概算细化分解方案和年度计划并组织、指导、监督实施；承办大型水利水电工程移民安置综合监理，组织大中型水利水电工程移民安置验收；指导编制大中型水利水电工程移民后期扶持规划，管理后期扶持基金、库区建设基金项目库，制订后期扶持年度计划并组织实施。
（十三）水利水电安全监督科：承担全市水利系统综合安全监督管理职能，统筹协调指导水利行业安全生产监督管理工作，组织县区政府和市级相关部门建立健全小水电站安全生产联防联控机制，负责5万千瓦以下水电站安全生产监督工作。
